“辨证论治，方证对应”是中医理论体系的特色与精华，中医的“证”是论治的起点和核心，证候一直是中医药研究的核心问题。证是对疾病过程中所处一定阶段的病位、病因、病性以及病势等所作的病理性概括，是机体对体内外各种环境变化和致病因素作出反应的一种整体功能状态，并随着病程的发展而发生相应变化。证本质是机体失衡而致的代谢或其网路的改变，该特征性表型通过血液或尿液中的内源性代谢成分(小分子代谢物)的表达谱的改变而客观地反映出来^[12]。代谢组学的兴起提供了一条从系统层面将多层次多维度数据进行整合分析，用现代科学语言表述中医药特性的方法^[13]。代谢组反映的基因、蛋白表达异常的结果，是研究代谢产物随时间变化的规律及变化轨迹，反映某种生理病理过程中所发生的一系列生物事件，是人体生化网络对所有扰动因素进行应答和变化的终端信息。人体代谢轮廓的整体性，以及代谢指纹的精细表达也能够表达中医对证的宏观和微观认识，更接近于中医的证的信息，与中医证候对病理状态的表达理念不谋而合^[14-15]。

    21世纪初，王喜军教授将系统生物学之代谢组学的理念和方法引入证的生物学本质研究、方剂的整体效应评价及药效物质基础研究，在大量系统研究的基础上，提出并建立了中医方剂代谢组学研究方法——方证代谢组学(Chinmedomics)^[4] ......