1.1直向同源基因与种间变异直向同源基因指2种或2种以上不同物种之间的同源基因，它们来自物种分隔之前同一祖先的同源序列。直系同源的序列通常具有相似的结构和生物学功能^[1]，即功能高度保守甚至近乎相同，且其在近缘物种间可以相互替换，一般是编码生命活动必需的关键性调控蛋白、酶或辅酶的基因^[2]。基因组学、功能基因组学、分子系统学、进化生物学等生命科学领域多个学科的研究均依赖于直系同源基因的识别，如物种新发现基因的功能预测、系统发生关系的构建及重现基因的进化历史等。许多直系同源基因均具有序列变化速度与进化距离相当、调控途径相似且能够重现物种进化历史等特征。由于系统发育树的构建需要不同群体间的直系同源基因，因此完整、正确的直系同源基因识别是重现基因进化过程重要的前提^[3]。

    目前发现的功能千变万化的基因最初都是由少量祖先基因通过基因加倍、变异和功能域重组产生的。因此，通过基因序列的比较，可从同一物种或不同物种中找到同源的基因成员。随着药用植物转录组数据的增加，鉴定和区分这些具有相同或者不同功能的同源基因^[4]以及对控制元件进行识别^[5] ......