红景天破壁饮片对小鼠肠道菌群影响的初步研究(3)

http://www.100md.com 2015年4月15日 中国中药杂志2015年第8期

     2.4 DGGE分析 参照Yang Wang等[2]的方法，应用DGGE电泳系统对PCR产物进行DGGE分析，具体条件为：聚丙烯酰胺浓度为8%，变性梯度为35%～65%，电泳条件是：电泳温度为60 ℃恒温，电压为85 V，电泳时间为16 h，电泳结束后用溴化乙锭(EB)进行染色，在紫外凝胶成像系统中成像，保存图谱。应用Quantity One 软件分析图谱，计算多样性指数(H)﹑物种丰度(S)﹑相似性系数(Cs)。

    多样性指数(H)计算公式为H=-∑(pi)×(lnpi)，pi=ni/∑ni。其中ni表示DGGE图谱中某个样品单一条带的强度，∑ni代表该样品所有条带的总强度。物种丰度(S)为DGGE图谱中某个样品所有条带的数目。相似性系数(Cs)计算公式为：Cs=2Lab/(La+Lb)×100%，其中(La+Lb)为DGGE图谱中2个不同样品条带数之和 ......