菊苣小分子化合物对黄嘌呤氧化酶抑制作用的分子对接研究(2)
1.2配体库建立以菊苣、毛菊苣、化学成分或化学为检索词检索CNKI、维普、万方等中文文献数据库，以Chicory，C glandulosum ， C intybusy和component， chemical为检索词检索PubMed， SpringerLink， ScienceDirect等外文文献数据库，最终整理107 篇中外文献，有效文献67 篇，另在台湾中医药数据库中查询。整理去重得到小分子化合物213 个，其中倍半萜类64 个，三萜类27 个，黄酮类41 个，有机酸类57 个，香豆素 7个，其他 17个。使用ChemBio3D绘制化合物三维结构，使用MM2力场优化化合物结构，将优化好的分子保存为PDB格式备用。
1.3分子对接准备受体：去掉靶蛋白的水分子和配体，之后进行加氢和加电荷，并计算电荷，设置原子格式并以PDBQT格式存储。由于XO活性中心所含钼原子为Autodock 42默认原子类型中缺乏的原子，查阅文献获得Mo原子参数加入参数文件，修改受体化合物PDBQT文件中MOS3004， FES3001， FES3002配体中各原子的电荷，去除MOS误加的H，保持靶蛋白刚性 ......
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1.3分子对接准备受体：去掉靶蛋白的水分子和配体，之后进行加氢和加电荷，并计算电荷，设置原子格式并以PDBQT格式存储。由于XO活性中心所含钼原子为Autodock 42默认原子类型中缺乏的原子，查阅文献获得Mo原子参数加入参数文件，修改受体化合物PDBQT文件中MOS3004， FES3001， FES3002配体中各原子的电荷，去除MOS误加的H，保持靶蛋白刚性 ......
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