1H—NMR代谢组学二维方法的多基原藏药沙棘鉴定> 基于DNA条形码和1H—NMR代谢组学二(3)
1H—NMR代谢组学二维方法的多基原藏药沙棘鉴定'> 基于DNA条形码和1H—NMR代谢组学二维方法的多基原藏药沙棘鉴定
2 结果
2.1 序列特征、K2P距离及变异位点分析
各样本ITS2和psbA-trnH序列长度,GC平均含量和K2P遗传距离结果见图1,表2,比对后的ITS2序列长度为221~223 bp,psbA-trnH序列长度为303~313 bp。比较不同基原沙棘不同序列的种内及种间K2P距离发现,除基于psbA-trnH序列的中国沙棘外,其余沙棘的种内最大距离均小于其种间最小距离。
比较ITS2序列发现,3种沙棘的种间存在稳定的变异位点:江孜沙棘在84,117,126,148,160以及198位点分别为A,A,T,C,C,T;西藏沙棘在2,26,27,35,44,47,52,87,104,111,121,132,134,176,205,220位点处分别为G,C,G,G,T,T,C,C,C,G,C,G,C,C,G,C,由此可将3种沙棘进行区分。此外,稳定的变异位点也存在于psbA-trnH序列中:江孜沙棘在7和36位点处分别为A,A,在216~224位点处有一个TTTCTTTAT的插入,而其余2种沙棘均未见;西藏沙棘在64,76,297位点处分别为A,G,A,由此也可发现基于序列特征的种间差异 ......
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2.1 序列特征、K2P距离及变异位点分析
各样本ITS2和psbA-trnH序列长度,GC平均含量和K2P遗传距离结果见图1,表2,比对后的ITS2序列长度为221~223 bp,psbA-trnH序列长度为303~313 bp。比较不同基原沙棘不同序列的种内及种间K2P距离发现,除基于psbA-trnH序列的中国沙棘外,其余沙棘的种内最大距离均小于其种间最小距离。
比较ITS2序列发现,3种沙棘的种间存在稳定的变异位点:江孜沙棘在84,117,126,148,160以及198位点分别为A,A,T,C,C,T;西藏沙棘在2,26,27,35,44,47,52,87,104,111,121,132,134,176,205,220位点处分别为G,C,G,G,T,T,C,C,C,G,C,G,C,C,G,C,由此可将3种沙棘进行区分。此外,稳定的变异位点也存在于psbA-trnH序列中:江孜沙棘在7和36位点处分别为A,A,在216~224位点处有一个TTTCTTTAT的插入,而其余2种沙棘均未见;西藏沙棘在64,76,297位点处分别为A,G,A,由此也可发现基于序列特征的种间差异 ......
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