膜荚黄芪的转录组测序质量评估及其SSR位点信息分析的研究(3)

http://www.100md.com 2016年4月15日 《中国中药杂志》2016年第8期

     从表2可以看出黄芪转录组SSR种类丰富，从单核苷酸到六核苷酸的各种核酸重复类型都能够看到，但他们相差的比列较大。SSR类型多集中在单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸上，占963%，其他类型相对的占有量很低。

    黄芪转录组SSR位点序列总长度达到23 834 bp，其中三核苷酸核心重复序列的总长度最长，为11 433 bp；其次是二核苷酸，为4 472 bp；接下来是单核苷酸，是1 919 bp。SSR位点的平均长度是24 bp，各类型SSR位点的平均长度分别是12，18，18，24，27，32 bp。

    25SSR的特性

    在黄芪转录组的1 729个SSR位点中共发现核心重复序列127种，其中单核苷酸型4种；二核苷酸型11种；三核苷酸型57种；四核苷酸型28种；五核苷酸型11种；六核苷酸型16种。这6种重复序列类型的重复次数大多集中在5～10次，达到1 173次，占整个重复次数的6784%；其次是10～15次，重复次数是356次，占整个重复次数的2059；第三的是16～20次 ......