基于分子模拟技术筛选LXRβ中药激动剂(2)
1.2 TCMD数据库的筛选
采用最优HypoGen药效团模型筛选包含23 033个化合物的TCMD 数据库[12]，搜索模式为Best Search，匹配模式为柔性匹配，其他为默认参数。利用类药五规则对药效团模型命中的化合物进行类药性质评价[13]。选择具有类药性质、与最优药效团完全匹配且匹配值大于训练集化合物最低匹配值的化合物用于进一步的分子对接研究。
1.3 LXRβ的分子对接研究
LXRβ的蛋白三维结构从PDB数据库(http：//www.rcsb.org)中获得，优先选择复合激动活性配体且分辨率较高的晶体结构，确定PDB：1PQC、复合激动剂T0901317的蛋白复合物作为研究载体。随后对蛋白结构进行预处理：补全不完整残基、删去配体分子和水分子、加氢和分配相关电荷、删除多余蛋白质构象等[14]。处理后的蛋白进行分子对接研究。
基于晶体结构中复合的原配体初步定义活性口袋。采用半柔性且快速的LibDock方法进行分子对接研究。将原配体取出后重新对接进入活性口袋，对接后配体产生的构象与晶体结构复合的原配体分子构象进行比较，计算均方根偏差(rootmeansquare deviation ......
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采用最优HypoGen药效团模型筛选包含23 033个化合物的TCMD 数据库[12]，搜索模式为Best Search，匹配模式为柔性匹配，其他为默认参数。利用类药五规则对药效团模型命中的化合物进行类药性质评价[13]。选择具有类药性质、与最优药效团完全匹配且匹配值大于训练集化合物最低匹配值的化合物用于进一步的分子对接研究。
1.3 LXRβ的分子对接研究
LXRβ的蛋白三维结构从PDB数据库(http：//www.rcsb.org)中获得，优先选择复合激动活性配体且分辨率较高的晶体结构，确定PDB：1PQC、复合激动剂T0901317的蛋白复合物作为研究载体。随后对蛋白结构进行预处理：补全不完整残基、删去配体分子和水分子、加氢和分配相关电荷、删除多余蛋白质构象等[14]。处理后的蛋白进行分子对接研究。
基于晶体结构中复合的原配体初步定义活性口袋。采用半柔性且快速的LibDock方法进行分子对接研究。将原配体取出后重新对接进入活性口袋，对接后配体产生的构象与晶体结构复合的原配体分子构象进行比较，计算均方根偏差(rootmeansquare deviation ......
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