艾纳香黄酮类物质生物合成途径分析(2)

http://www.100md.com 2016年10月1日 《中国中药杂志》2016年第19期

     1.3.4 拼接及拼接结果统计 使用软件 Trinity (http：//trinityrnaseq. sourceforge.net ) 将质控后得到的高质量序列进行de novo 拼接。 转录本的丰度体现基因的表达水平，转录本丰度越高，则基因表达水平越高。在分析中，使用软件 bowtie ( http：//bowtiebio.sourceforge.net/index.shtml) 将测序得到的 reads 与拼接结果进行比对(mapping)。

    1.3.5 表达量统计及表达差异分析 在 RNAseq 分析中，通过定位到基因组区域的测序序列(clean reads)的数量来估计基因的表达水平。依据所有样本不参考基因组比对的结果，计算每个基因/转录本在样本中的 FPKM 值，以该值作为基因/转录本在样本中的表达量。最终对所有基因/转录本在各组样本中的表达进行差异显著性分析，找出相对差异表达的基因/转录本，并对其进行可视化分析 ......