基于分子对接技术虚拟筛选菊苣与肠道CNT2结合的化学成分研究(2)
2.1 同源模型构建与评价
同源序列搜索比对结果显示，hCNT2与霍乱弧菌的CNTs(vibrio cholera CNT，code：4PB1和3JTI)的一致性(identity)为37%，相似性(positives)为57%，空位百分数(Gaps)为5%，满足同源建模和用于虚拟筛选及小分子配体对接的前提条件[5]。以4PB1和3JTI为模板，利用Modeller进行多模板建模、Loop 优化，得到初级三维模型。再应用Gromacs进行能量最小化。由于hCNT2第1～74个和第585～658个氨基酸序列没有一致性较高的模板，经跨膜区域预测显示这2段氨基酸处于两端，同时距离转运蛋白结合底物位点较远，切除以上2处氨基酸序列得到最终三维模型。Prochek程序得出的拉氏图结果显示97.8%的氨基酸落在最佳允許区(79.4%)和允许区(18.4%)，1.7%的氨基酸落在一般允许区，仅0.4%的氨基酸落在不允许区，说明得到的hCNT2模型氨基酸二面角结构比较合理(氨基酸残基骨架的二面角分布见图1)。
2.2 同源模型验证
在活性位点设置方面 ......
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同源序列搜索比对结果显示，hCNT2与霍乱弧菌的CNTs(vibrio cholera CNT，code：4PB1和3JTI)的一致性(identity)为37%，相似性(positives)为57%，空位百分数(Gaps)为5%，满足同源建模和用于虚拟筛选及小分子配体对接的前提条件[5]。以4PB1和3JTI为模板，利用Modeller进行多模板建模、Loop 优化，得到初级三维模型。再应用Gromacs进行能量最小化。由于hCNT2第1～74个和第585～658个氨基酸序列没有一致性较高的模板，经跨膜区域预测显示这2段氨基酸处于两端，同时距离转运蛋白结合底物位点较远，切除以上2处氨基酸序列得到最终三维模型。Prochek程序得出的拉氏图结果显示97.8%的氨基酸落在最佳允許区(79.4%)和允许区(18.4%)，1.7%的氨基酸落在一般允许区，仅0.4%的氨基酸落在不允许区，说明得到的hCNT2模型氨基酸二面角结构比较合理(氨基酸残基骨架的二面角分布见图1)。
2.2 同源模型验证
在活性位点设置方面 ......
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