SSR的多样性与不同基序序列类型存在一定关系，如由于打破AT键所需的能量低于GC碱，AT的波动较GC容易，SSR的基序类型中存在A/T优势[19]。在本研究中，从不同核苷酸类型的碱基组成分析可知，金钗石斛转录SSR中A/T，AAAT/ATTT分别是单核苷酸、四核苷酸的优势重复基元，AT/AT及AAT/ATT的数目分别在二核苷酸和三核苷酸中排名第二和第三，表现出了明显的A/T优势。相反G/C在基序中的出现频率很低，C/G和CG/CG在单核苷酸和二核苷酸中所占的比例均小于220%。这很好的验证了上述观点。但也有观点认为A/T优势的出现是由于甲基化的C残基转化为T及位于3′末端的polyA序列插入基因组后形成富含A的原始SSR序列所致[2021]，具体原因有待进一步考究。

    Weber等[22]将SSR分为3类，分别是完全由单一的核苷酸重复组成的完美型，由单一重复基元组

    M50 bp Maker ZM201(从上至下依次为400 ......