郑琪等采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)和荧光染料检测技术，建立了基于PsbA-trnH序列的西红花鉴别方法，即，在PCR反应产物中加入染料SYBR GreenⅠ后，西红花样品出现绿色荧光，而红花、菊花、玉米黍、莲须等伪品无荧光^[28]。车建等发现ITS1，ITS2序列是鉴定西红花的有效。

    分子标记段，可以区分西红花及其伪品(莲须、玉米黍、菊花、红花)^[29]。Marieschi等采用序列特异性扩增(sequence-characterized amplified region，SCAR)分子标记法来鉴别西红花的常见非法添加物，实验结果显示SCAR法可以很好地将山金车Arnica montana L、紅木Bixa orellana L、金盏菊Calendula officinalis L、红花、荷兰番红花C vernus L (Hill)、姜黄 Curcuma longa L、萱草Hemerocallis sp与西红花区别开来^[30] ......