以往的DNA条形码研究大多基于ITS2一级结构(碱基替换信息)，近年来有关ITS2二级结构的研究与应用逐渐被报道^[13-17]。它是由RNA单链自身回折而形成的配对和未配对碱基交替而成的茎环结构，这为核糖体的剪切、正确组装与成熟提供了必需信号^[18]。这种生理结构的形态和进化特征是核酸序列所不能体现的，它们蕴含着潜在的系统发育信息^[19-21]。早在20世纪80年代就有RNA二级结构在系统发育中的价值研究^[22]。然而由于当时难以获得和比对RNA二级结构并没有引起足够重视。随着生物信息学的发展，关于RNA二级结构预测的算法大量涌现^[23-26]。在二级结构的比对方面也有诸多的算法和软件^[27-29]，特别是基于共有结构来比对长RNA的快速算法，如MRNA^[30]，MXSCARNA^[31]，R-Coffee^[32]以及近年来出现的最大期望精确度算法(maximum expected accuracy ......