3 结果

    3.1 序列矩阵

    3.1.1 3种二级结构比对软件产生的结果比较 3种二级结构比对软件产生了40条ITS2核酸序列的二级结构共有模型，都为茎环结构模型。其中LocARNA产生了典型的一环四臂结构，其中臂Ⅲ最长，臂Ⅱ最为保守，臂Ⅳ保守位点最少、变异最大。在碱基组成上LocARNA产生的二级结构也表现出了规律性：臂Ⅱ有一个嘧啶组成的鼓凸(bulge)，臂Ⅲ有一段TGGT的共有序列(sequence motif)，在臂Ⅰ和臂Ⅳ之间的大环富含嘌呤，这些特点都符合ITS2二级结构在植物中的共有特征^[44]。除此之外，在茄属还有一些特征性共有序列，如臂Ⅰ上的UCCG，GCC序列，臂Ⅱ上的CCGUG序列，臂Ⅲ上GUCGCGGC序列(图2A)。MASTR和PicXAA产生的二级结构共有模型只显示了结构，没显示核酸组成。PicXAA也产生了一环四臂的ITS2二级结构基本式样，然而由于碱基配对过度严谨，大环上6～9，118～121位点处进行了互补配对打破了大环的整体结构(图2B)。MASTR产生的二级结构共有模型为一环三臂类型(图2C)。除此之外由于对每条序列插入/缺失处理不一样，使得排列后矩阵的长度不一样，LocARNA，MASTR，PicXAA排列后序列矩阵的长度分别为237，255，228 bp，与之对应的是各个臂上鼓凸的数量也有所不同。由于ITS2在植物中一环四臂的基本结构已被证实^[45]，因此LocARNA产生的运算结果较准确。

    3.1.2 常规序列比对软件与LocARNA序列比对软件产生的结果比较 作者将常规序列比对软件Clustal X对ITS2的序列比对结果(图3A)与基于ITS2二级结构比对产生的矩阵(图3B)进行了比较 ......