苯乙醇苷类化合物与ctDNA的相互作用(2)
25分子对接药物小分子初始结构由分子模拟软件SybylX13 获得，运用Tripos力场和GasteigerHückel电荷对分子结构进行优化。DNA晶体结构来自PDB蛋白质数据库(编号425D)。采用Surflex程序进行分子對接时，考虑了小分子10个构象，结合自由能最低的构象用来做进一步理论分析。dsDNA分子优化前去除其结构中的水分子。对接原型分子通过选择碱基对生成，对接过程中考虑了配体小分子环的柔性。3结果与讨论
31紫外光谱NR与DNA相互作用的紫外可见光谱图，见图2，显示了DNA的加入对NR吸收光谱的影响。图2中曲线 (a)是NR的吸收谱图，可以看出其最大吸收峰在462 nm，DNA的加入使得NR在462 nm处的吸收峰发生了明显减色效应和一定程度的红移现象，说明NR与DNA发生了嵌插作用[6]。545 nm处附近出现了1个新吸收峰，此峰应该是NRDNA复合物的吸收峰[7]。462 nm处明显的减色效应表明NR和DNA碱基之间紧密靠近，DNA中大量碱基层层堆积，使得双螺旋结构内部形成一个强大的疏水区。红移现象表明NR嵌入到DNA碱基对后 ......
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