基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析(5)
转录组测序技术的应用同时也加速了 SSR 位点的挖掘。本研究中“凤丹”根皮的AllUnigenes转录本中SSR出现的频率为136%，低于连翘(2515%)[18]、半夏(1624%)[18]和独行菜(1564%)[20]，但高于党参(1222%)[21]、膜荚黄芪(924%)[22]、鱼腥草(751%)[2324]、人参(73%)[16]和杜仲(29%)[25]等药用植物中SSR出现的频率，可能与物种以及供试材料的来源部位多少有关；“凤丹”根皮转录组中SSR种类较为丰富，主要以单核苷酸重复为主，其次是二、三核苷酸重复，二核苷酸重复单元中AG/TC(681条，占SSR总数的685%)占主导地位；此外，三核苷酸的重复单元类型较为丰富，这与多数植物SSR标记的特性相似；与基于NCBI 数据库的观赏牡丹ESTSSR研究结果[26]不同的是，本研究中发现了“凤丹”根皮转录本中有11条unigene序列中存在五核苷酸重复，可能与“凤丹”根皮供药用的活性成分代谢与合成有关，为深入挖掘并利用“凤丹”转录组数据开发用于遗传多样性分析、分子标记辅助育种的SSR标记奠定了基础 ......
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