基于16S rDNA测序技术分析不同龄期蚕沙中菌群多样性(3)
162上机测序将样品DNA文库均一化至10 nmol·L-1后等体积混合。混好的文库逐步稀释定量至4～5 pmol·L-1后用Illumina MiSeq 测序仪测序。17生物信息学分析
测序得到的原始数据(raw data)，存在一定比例的干扰数据(dirty data)，为了使信息分析的结果更加准确、可靠，首先对原始数据进行筛查、处理和质量控制，得到高质量的有效数据(effective tags)[17]运用QIIME软件识别疑问序列。要求序列长度≥150 bp，且不允许存在模糊碱基N，剔除5′端引物错配碱基数>1的序列和含有连续相同碱基数>8的序列。利用QIIME软件调用USEARCH检查并剔除嵌合体序列。最后去除barcode及引物序列，使用UCLUST软件，按照97%相似性进行操作分类单位(operational taxonomic units，OTU)聚类，挑选出每个OTU的代表序列[18]。利用Greengene 数据库对代表序列进行物种注释。通过对OTUs进行丰度 ......
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