将含有SSR的unigene序列比对Nr和Nt数据库进行注释，结果显示2 201个unigene在Nr数据库中具有同源匹配信息，782个unigene在Nt数据库具有同源匹配信息，分别占比对序列的61.1%，21.7%。在与Nr数据库进行同源比对时，比对最多的物种为胡萝卜，共计1 655条，占比对序列的45.9%。同时将unigene与SwissProt(蛋白数据库)、TrEMBL、Pfam(蛋白结构域注释分类)、CDD数据库进行比对和注释，注释结果显示分别有1 302，2 009，1 110，1 318个基因被注释，占比对序列的36.2%，55.8%，30.8%，36.6%。

    随后将含有SSR的unigene按GO(Gene Ontology)和KOG(Eukaryotic Orthologous Groups of proteins)分类系统进行分类(图1)。SSR所在序列共计分为25个KOG类，最多一类为蛋白转录后修饰139个，其次为一般功能预测118个，最少的一类为细胞运动1个，其次为未知蛋白2个。在GO分类中，将unigene分为细胞组分、分子功能和生物学过程3类。在GO分类中，进一步将3大功能细分为49个小类。在生物学过程中细胞过程最多(25.6%) ......