中药整合药理学计算平台的开发与应用(3)
33网络构建和分析、可视化基于药物靶标与疾病/症状靶标之间的相互作用网络,建立中药靶标疾病基因互作网络;以“节点连接度(degree)” 的2倍中位数为卡值,选取中药靶标疾病基因互作网络的核心节点(hubs);在构建关键节点子网的基础上,以“degree”、“节点紧密度(closeness)”和“节点介度(betweenness)”的中位数为卡值,选取同时满足3个卡值的节点为中药方剂矫正疾病失衡网络的候选靶标;然后,通过对上述药物候选靶标所参与的功能和通路进行富集分析,进一步挖掘中药缓解疾病关键病理环节的分子机制,并构建“中药方剂中药材化学成分核心靶标关键通路疾病关键病理环节”的多层次网络关联图,见图3,4。34基因功能分析和通路分析为深入挖掘上述网络计算筛选得到的中药核心靶标的功能,本平台基于基因本体数据库(gene ontology,GO)和KEGG通路数据库,提取靶标基因或蛋白质的分子功能(molecular function)、细胞内定位(subcellular localization) ......
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