网络药理学探究二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制(2)
通过对大量有关AD 发病机制文献的调研，选择了与AD发病机制相关的23 个靶蛋白 [7]，在PDB蛋白质晶体结构数据库搜索AchE，CaMKIIα，COX2等23个有复合晶体结构的关键靶点。利用DISCOVERY STUDIO对接软件，删除靶蛋白结构中的水分子，再加上极化的氢原子，赋予其正电荷，根据相关文献报道，提取位于活性口袋位置的配体小分子，暴露受体的活性口袋。其他参数设置为缺省值。利用DISCOVERY STUDIO对接软件，二至丸成分与23个靶蛋白进行柔性对接，其中打分函数选取的是LibDock Score打分函数。对接完成后，以LibDock Score 打分值为参考，筛选二至丸活性分子。14分子对接评价方法
通过查阅相关文献，选定Dock Score≥60 [8]作为二至丸活性分子与AD关键蛋白靶点是否存在较强结合活性的评价指标，为了排除不具备类药性质的分子，使用里宾斯基(Lipinski)类药性五原则对Dock Score≥60的成分进行筛选。
15构建分子蛋白、蛋白通路作用网络图
相互作用网络图是指将彼此之间存在某种联系的分子、靶蛋白、信号通路等分子用节点(node)表示 ......
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