中药脑心同治药理学研究平台构建及丹红注射液脑心同治机制研究(3)
2 脑心同治生物分子网络研究2.1 数据来源及网络建模方法 本研究所选择的生物分子信息来源于数据库与文献,其中心血管疾病的相关基因来自CHD@ZJU V2.0[19],并进行去重修改、基因名与基因ID校对。脑血管疾病的相关基因来自DisGeNET[20],SIDD[21],MALACards[22-23],Diseases Database(http://diseases.jensenlab.org/Search),Disease and Gene Annotations (DGA)[24]等数据库,以“brain ischemia”,“brain infarction”,“stroke”等10个关键词搜索后获得。文献来源的生物分子信息来源于PubMed数据库,以“brain ischemia”等6个关键词检索出文献,并经Pubtator[25]整理获得相关基因,将数据库与文献信息整合為脑血管疾病相关基因。
将上述得到的心、脑血管疾病相关基因进行比对后得到共有基因列表,将其输入到string V10.0[26](http://string-db.org/)中获得相对应的蛋白以及整合后的蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系 ......
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