AT3可能主要通过富含精氨酸的区域与缬氨酸蛋白(VCP)的N端部分結合[12]，参与错误折叠的内质网ER蛋白的降解以及应激反应，AT3-VCP/p97复合物参与协助将靶向蛋白运输到蛋白酶体[13]。VCP将ATP水解过程中获得的化学能转化为机械能，对其底物施加作用力。它是一种重要的、普遍表达的蛋白，参与许多细胞过程，包括蛋白质降解[14]。研究发现干扰AT3与VCP的相互作用可延迟毒性蛋白在体内的聚集[15]。但是AT3与VCP结合能力对于其在果蝇中的作用不是必要的[16]。

    AT3还可以与转录调控因子相互作用，参与转录调控，AT3可以通过与polyQ重复序列相互作用抑制组蛋白乙酰化，抑制体内转录。Araujo等人[17]发现在氧化应激下，ATXN3和Forkhead box O(FOXO4)转移到细胞核，同时与Superoxide dismutase(SOD2)基因启动子结合，增加抗氧化酶SOD2的表达。这表明Ataxin-3与转录因子FOXO4作为氧化应激反应的转录共激活因子参与氧化应激 ......