外泌体相关跨膜蛋白上调整合素促进肝细胞癌中细胞迁移的研究(2)
1 材料与方法1.1 肝癌小鼠模型的构建和RNA-seq
7周龄健康昆明小鼠100只购自右江民族医学院动物实验中心。参照前期实验的方法[6],50只通过双前肢腋下注射H22肝癌细胞株构建肝细胞癌小鼠模型,另50只同法注射不含H22的生理盐水作对照。正常饲养4周后,取瘤体组织和对照组小鼠肝组织,以RNA提取试剂盒(Invitrogen,中国上海)提取总RNA(n=50),同组内总RNA样本等量混合用于RNA-seq[6]。生物信息学分析HCC中的差异表达基因,基因表达以每百万测序碱基中每千个转录子测序碱基中所包含的测序片断数(expected number of fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequenced,FPKM)表示。
1.2 ETPGs的筛选
从NCBI的nucleotide数据库下载癌症来源的外泌体相关跨膜蛋白基因,构建基因比对数据库 ......
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