农顺强 陈晓昊 许桂丹 韦武均 彭彬 周律 邓益斌

    【摘要】?目的?對公共基因表达数据库(GEO)中的HBV相关肝癌数据进行生物信息学分析，探讨长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA在HBV相关肝癌中的作用。方法?从GEO数据库下载HBV相关肝癌数据集，利用相应R包对数据集的差异表达基因进行计算与比较，获取差异基因并构建lncRNA-mRNA共表达网络、蛋白质相互作用(PPI)网络和模块分析;继而对共表达网络中的mRNA进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)路径分析;并分析与关键lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性。结果?通过基因分析获得HBV相关肝癌高度相关的差异lncRNA 30个，mRNA 676个。共表达的mRNA主要参与的GO通路有细胞黏附、细胞运动的负调控、生物黏附、酶联受体蛋白信号通路、细胞趋化性;KEGG通路主要有类固醇激素生物合成、视黄醇代谢、PI3K-Akt信号通路、ECM-受体相互作用、化学致癌作用、黏着斑、Rap1信号通路等。与关键lncRNA(DNM3OS、HAND2-AS1、HELLPAR、AC126118.1、FAM230E、LINC01139、LINC01943、AL022344.1和PCAT7)高度相关的mRNA(GGT5、CEP55、DPT、TEK、TRIP13、STAB2、ESM1和MS4A1)与患者生存曲线有显著相关性(P1)，P0.75，且校正后P0.75，且校正后P<0.05)，发现有17个lncRNA及82个mRNA具有高度共表达关系。其中DNM3OS、HAND2-AS1、HELLPAR居于共表达网络核心位置，与众多mRNA均具有共表达关系(图2)。

    2.3?差异基因功能富集及通路富集分析

    對共表达的mRNA，通过DAVID进行GO分析发现 ......