基于网络药理学探讨小柴胡汤增强鼻咽癌放疗敏感性的分子机制
靶标,1材料与方法,2结果,3讨论
裴路,仇雯丽,王佳佳,李红阁,杨凤莲,王俊利(1.右江民族医学院附属医院生殖中心,广西百色 533000;2.右江民族医学院a.研究生学院,b.药学院,c.检验学院,广西百色 533000)
鼻咽癌(nasopharynx cancer,NPC)是一种起源于鼻咽黏膜内层的上皮癌[1],在两广地区高发。鼻咽癌恶性程度高,75%~90% 的新发病例已为局部晚期,常伴有颈部淋巴结转移,鼻咽癌的一线治疗是放射治疗。虽然放疗可以提高局部控制率,延长患者5年生存率至82.1%~83.3%,但放疗后的复发与远处转移是临床治疗中面临的两大难题[2]。小柴胡汤(XCHD)出自《伤寒论》,是传统的和解少阳之方剂,由柴胡、黄芩、半夏、甘草、大枣、人参、生姜组成,其中柴胡为君,用量最大[3]。本研究借助网络药理学,深入挖掘小柴胡汤增强鼻咽癌放疗敏感性的潜在靶点和作用机制,为小柴胡汤的进一步研究提供方向,为临床用药提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 寻找NPC放疗抵抗差异性表达基因通过GEO数据库,搜索关键词“nasopharynx cancer radiotherapy”得到GSE48501数据集,该数据集通过鼻咽癌抗辐射亚克隆CNE2-IR细胞系按照实验方案进行5轮亚致死剂量照射(11 Gy)培养生产,以放疗敏感的亲代细胞系CNE2细胞系为对照并进行测序,下载该数据集通过R4.0.5对这些数据整理和注释并通过edgeR包用于标准化基因表达,筛选条件为:(| log2FC| >1 和调整后的P<0.05),得到2731个差异表达基因,1551个上调表达基因,1180个下调表达基因,并通过“clusterProfiler”“org.Hs.eg.db”和“enrichplot”等R包进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析进行功能注释。
1.2 XCHD有效成分及靶标的寻找XCHD的有效成分从中药系统药理学(TCMSP)数据库下载(http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php),其中包含很多中药条目,药物疾病网络和药物靶点网络。可从TCMSP数据库中获得大量草药信息,包括成分、分子名称、分子量(MW)、药物相似性(DL)、人类口服生物利用度(OB)、半衰期(HL)、水分配系数(AlogP)、氢键供体和受体的数目(Hdon/Hacc)、Caco-2渗透性(Caco-2) ......
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