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编号:23100
鉴定铁死亡相关基因作为狼疮性肾炎诊断生物标志物的研究
http://www.100md.com 2023年2月13日 2023年第1期
样本,模块,1材料与方法,2结果,3讨论
     吴昱升,林栩▲,王蓉,黄慕源,徐璐瑶,张洁,杨岚茵,蓝梦麟

    (1.右江民族医学院附属医院肾内科,广西百色533000;2.广西免疫相关性疾病医学科研基础保障重点实验室,广西百色 533000)

    系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种涉及对内源性核颗粒的不适当免疫反应[1],狼疮性肾炎(lupus nephritis,LN)是SLE最常见和最严重的靶器官表现之一[2]。10%~30%的LN患者在确诊后15年内发展为终末期肾病(end-stage renal disease,ESRD),这是SLE死亡的主要原因[3]。最近的研究表明,LN易感基因(破坏免疫耐受)可以增强先天免疫信号通路,促进淋巴细胞活化,从而导致肾损伤[4]。铁死亡是一种新发现的程序性细胞死亡,其特点是产生脂质活性氧(reactive oxygen species,ROS)和铁超载,导致胱天蛋白酶和坏死体非依赖性细胞死亡。中性粒细胞铁死亡在狼疮发病机制中起到关键作用,铁死亡抑制剂治疗可以显著改善狼疮小鼠的疾病严重程度[5]。本研究以铁死亡相关基因(ferroptosis-related genes,FRGs)为目的基因筛选LN的生物标志物,旨在为LN的治疗提供新的策略。

    1 材料与方法

    1.1 数据来源从GEO数据库(Gene Expression Omnibus,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query)下载LN患者的转录组数据和临床数据。GSE32591数据集包含93例肾小管间质样本和肾小球样本,提取肾小球样本为本研究的研究对象,其中包含14例正常样本和32例LN患者。GSE157293数据集包含3例正常样本和3例LN患者的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和miRNA表达数据。此外,从FerrDB数据库(http://www.zhounan.org/ferrdb)中获得了349个FRGs,包括激活基因、抑制基因和标记基因。

    1.2 方法

    1.2.1 差异分析使用“limma”R软件筛选GSE32591数据集中的14例正常样本和32例LN样本之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),筛选标准为P0.5,利用“ggplot”和“pheatmap”R包绘制DEGs的火山图和热图。

    1.2.2 差异表达的LN相关基因(LN-related DEGs ......

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