朱家骅由大陆流亡台湾，由于派系倾轧，加之与大权在握、日见走红的台湾省主席陈诚不和，朱氏渐渐失去了蒋的信任，原来担负的行政院副院长等要职被革掉。只保留了“中央研究院”代院长一职。据石璋如回忆：“‘中央研究院’有固定的上班时间，‘蒋总统’来所时已属下班时间，不能说‘中央研究院’偷懒不上班。后来不知道有谁说了什么话，朱家骅院长就在十一月辞职。”

    朱家骅突遭横祸，庙堂与坊间滋生了许多说法，但没有一件能摆到桌面上的铁证。有人说，在1948至1949年国民党大势已去的重要历史转折关头，李宗仁、白崇禧等桂系军阀联合阎锡山辈趁机拥兵自重，逼蒋介石下野。蒋于万股无奈中只得屈从，由李宗仁代总统。6月12日，由阎锡山出任行政院长兼国防部长，朱家骅出任行政院副院长，以新任内阁掣肘蒋的国民党总裁权力。蒋介石把朱家骅这一做法看做是对自己的叛逆 ......