2.2差异基因及GO和pathway分析

    通过将10对样本的read比对到基因组后，计算他们的表达量，用RPKM来衡量他们的表达量。通过将癌和癌旁组织的RPKM值进行比较，计算他们的表达差异。将10对样本的差异基因进一步按以下条件筛选：FDR ≤ 0.001，foldchang≥ 2，上调或者下调在5对样本以上。共获得2873个基因，随后进行GO和pathway的分析，结果表明，差异基因主要集中于细胞周期的调控、细胞粘附、类固醇及脂类代谢、依赖于DNA的修复及炎症免疫反应等功能类和P53、细胞周期，PPRA，DNA修复等信号通路，具体结果见图2及表1。随后对于10对样本中一致上调或下调的106个基因进行聚类，见图3

    2.3 SNP及肿瘤特异性突变：

    每个肝癌样本平均找到12909(范围为6877-27970)个肿瘤特异性点突变，这些突变位点22.2%位于基因编码区域(CDS区)，其中946个为非同义突变。其中42.6%为T：A >C：G(图4) ......