CIAPIN1包含有KKRK四肽，并且与该四肽相邻的氨基酸序列富含碱性氨基酸，这个序列特点符合核定位序列(NLS)。基于NESbase版本1.0数据库的NetNES 1.1程序预测了CIAPIN1的核定位信号。这可能是通过特定的信号序列，也可能是通过与特定分子相互作用来确认的。尽管对核仁的蛋白质组成的分析并不能够确认核仁的靶向信号，但是已经证明的是四肽R / K(R / K)X(R / K)会在富含碱性和亲水性氨基酸的区域中单拷贝或多拷贝，并显示出核定位信号。这些氨基酸残基都定位于核外，这样他们就可以与存在于核仁内的蛋白相互作用。 CIAPIN1有一重叠区域包含了NLS，但这个区域的核定位不仅仅是NLS，具体还有什么功能需要进一步的实验来证实。

    使用免疫组织化学，免疫荧光，His标记CIAPIN1的方法确定了CIAPIN1的两个主要单位存在于细胞质和细胞核中。在我们以前的亚细胞分离实验中，发现在不同的细胞系中，如HEK293，NIH3T3，QZG和HepaG2，CIAPIN1在细胞质与细胞核中的量近似比率为6：1。共聚焦扫描激光显微镜观察绿色荧光蛋白(GFP)标记的CIAPIN1 ......