在下放甘肃定西时，孙燕发现当地黄芪很多，农民甚至担着在集市上卖。他知道黄芪是最常用的中药，具有扶正补气的功效，回到北京以后他就决定从黄芪入手开展对中药的研究。他把自己关在实验室里，用现代科学方法对中药的效果进行细致的观察和分析。多年来，包括在M.D.Anderson肿瘤中心和美国同行的反复试验的结果终于证实：传统中药黄芪、女贞子、芦笋、仙灵脾等可促进病人免疫功能的恢复，抑制肿瘤病人过多的T抑制(Ts)细胞的活性，保护肾上腺和骨髓功能，辅助放射、化疗应用，能够提高病人的远期结果。

    孙燕与天津医药科学研究所合作，从女贞子中提取了一种促免疫有效成分——齐墩果酸，通过临床研究证明有良好疗效。同时通过测定发现，晚期病人的细胞免疫功能大多有一定的损伤，而服中药后病人的一般情况包括疲乏和免疫功能可以好转。他从事的扶正中药研究被评为原国家卫生部、天津市及中国医学科学院成果，并获得第一届国际自然免疫与生物反应调节剂大会奖。孙燕等为配合临床治疗所研制的贞芪扶正冲剂、胶囊、扶正女贞素和固元颗粒等中药治剂自正式投产以来，畅销国内外，并获得四项专利，贞芪扶正胶囊和颗粒已进入我国基本药品目录。

    临床治疗表明，祛邪-扶正反复轮替，就能取得好的疗效。因为开始时肿瘤较大，需要最大限度地祛邪，之后应注意病人骨髓和免疫功能的恢复和重建 ......