为加强卫生行政执法工作，改变卫生行政执法机构分散、多头、执法力量薄弱、体制不顺等问题。国家卫生部自20世纪90年代末，下大达力量研究和推动卫生监督体制改革。2000年初，卫生部经国务院同意并上中编办、财政部、国务院法制办同意，下发了《关于卫生监督体制改革的意见》，按照依法行政、政事分开和综合管理的原则，理顺和完善卫生监督体制、建立机构合理、运转协调、行为规范、程序明晰、执法有力、办事高效的卫生监督新体制。2005年卫生部又颁发了《卫生监督体系建设的若干规定》以规章的形式进一步确定了卫生监督体制基本形态，将卫生行政部门内设的监督机构与下设的卫生监督执行机构，统称卫生监督机构，赋予卫生监督机构在执法中的相应的法律地位。卫生监督机构作为同级卫生行政部门在其辖区内依法行驶卫生执法职责的执行机构，负责具体的卫生行政执法工作，但是卫生监督机构不具备独立的执法主体资格，不得以自己的名义对外行驶处罚权。

    实行卫生监督体制的改革，是完善我国卫生行政执法体制和机制，加强卫生行政部门的宏观调控职能，执行卫生法律职能，加大卫生行政执法力度的一项重大措施。从总体上将符合依法治国和行政执法的要求。从行政法的基本要求上看，卫生监督执行机构应当属于卫生行政机关内专列行政执法工作任务的一个职能机构 ......