随着基因分析技术的发展，利用转录组学可以有效揭示细胞的生理活动规律，探討生物代谢的机理。转录组是指某一物种或者特定细胞在一个特定的时间段或特定的环境条件下产生的所有转录物的集合。利用转录组技术可以了解基因的功能和结构，揭示器官及细胞在特定生物学过程中的机制。近年有较多学者采用转录组技术进行植物的遗传学研究，如石斛[5]、山茱萸[6]、紫草[7]、黄芪[8]等。由于环境破坏及无度采挖，群体结构衰退日趋明显，野生资源日趋濒危，因此种质资源保护迫在眉睫。利用分子生物学手段对三叶青的遗传背景进行研究，可为三叶青遗传多样性和分子标记等提供信息基础。

    本研究利用高通量测序技术对三叶青根和茎叶进行转录组测序，利用生物学技术和软件构建转录组数据库，分析不同部位间的差异表达基因，并对组装后的测序数据进行功能注释分类、功能聚类及代谢通路挖掘，旨在通过三叶青转录组数据的分析，为三叶青的品质鉴定及遗传资源评价等提供标记和序列信息，有助于进一步有效发掘和鉴定三叶青次生代谢产物合成及其调控相关基因，进而了解其有效成分的生物合成途径及其调控机制 ......