基于网络药理学的益母草作用机制分析(2)
1.2 活性成分-靶点网络构建将得到的益母草活性成分所对应的靶点通过UniProt数据库(http://www.uniprot.org/uploadlists/)翻译成相应基因。再将化合物及相应基因导入Cytoscape3.4.0软件,绘制益母草活性成分-靶点网络图。度值反映网络中某节点与其他节点的连接数目,介数是网络中所有最短路径中经过该节点的路径的数目与最短路径总数的比,度值和介数是量化1个节点在网络中的重要性的重要拓扑参数。
1.3 靶蛋白互作網络构建
为明确益母草潜在靶蛋白之间的相互作用,将筛选得到的靶蛋白在STRING平台(https://string-db. org/)构建蛋靶白互作(PPI)网络模型,将蛋白种类设置为“Homo sapiens(人类)”进行操作,最低相互作用阈值设为“medium confidence”(中等),其他参数保持默认设置。将PPI网络模型导入Cytoscape3.5.1软件,运用“Network Analysis”功能进行分析研究。依据度值、介数确定益母草关键靶蛋白 ......
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