基于网络药理学和细胞验证探讨甘草抗肺癌机制
存活率,靶点,1材料与方法,1网络药理学分析,2实验验证,2结果,1甘草活性成分及靶点,2肺癌靶点,3甘草抗肺癌靶点,4核心靶点蛋白相互作用网络,5GO和KEGG通路富集分析结果,6共有靶点-化合物网络,7实验验证结
张尚龙 ,闫潇 ,杨秀娟 ,杨志军 ,连小龙 ,张楠 ,叶礼巧 ,杨必乾 ,殷亭湄 ,付晓艳 ,马趣环 ,邓毅,1.甘肃中医药大学,甘肃 兰州 730000; 2.甘肃省中药药理与毒理学重点实验室,甘肃 兰州 730000
肺癌是全球发病率最高的恶性肿瘤之一,治疗方法主要有手术治疗、放射治疗、化学治疗、分子靶向治疗等。由于肺癌早期症状不明显,恶性程度较高,很多患者在确诊时已发生肿瘤转移和扩散,无法接受手术治疗,故化疗的作用不可替代。然而大剂量或重复低剂量化疗药物会引起较强的不良反应,且导致患者产生耐药性。甘草具有补脾益气、清热解毒、祛痰止咳、缓急止痛、调和诸药等功效[1]。药理研究表明,甘草具有抗肿瘤、抗炎杀菌、抗病毒、保肝、抗心力衰竭、调节免疫及抗纤维化等作用[2]。近年来,甘草有效成分如甘草次酸、甘草苷、异甘草素等在抗肝癌、乳腺癌、肺癌、结肠癌等肿瘤的研究取得了一定进展[3-7]。本研究采用网络药理学方法,对甘草抗肺癌作用进行靶点与通路筛选,并进行体外实验验证,为后续深入研究及新药开发提供参考。
1 材料与方法
1.1 网络药理学分析
1.1.1 甘草活性成分及靶点收集
通过TCMSP(http://tcmspw.com/tcmsp.php),以口服生物利用度(OB)≥30%且类药性(DL)≥0.18为条件筛选甘草的活性成分及对应靶点;通过R语言软件获得靶点的缩写名称,构建中药-化合物-靶点数据库。
1.1.2 肺癌靶点收集
以“lung cancer”为关键词,通过GeneCards(https://www.genecards.org/)、OMIM(http://https://omim.org/)、DrugBank(https://go.drugbank.com)数据库检索疾病靶点,检索结果合并后去重,得到肺癌相关靶点。
1.1.3 甘草治疗肺癌靶点收集
将甘草靶点与肺癌相关靶点通过微生信在线平台(https://www.bioinformatics.com.cn/)可视化得到甘草-肺癌共有靶点,即为甘草治疗肺癌的靶点。
1.1.4 蛋白相互作用网络构建
将共有靶点导入STRING(https://string-db.org/)数据库,在“organism”中选择“Homo Sapiens”进行搜索,获得蛋白相互作用(PPI)网络,导出TSV格式文件,将其导入Cytoscape3.8.0(http://www.cytoscape.org/)软件筛选关键靶点 ......
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