Gardasil和Cervarix获得批准后，临床上在有关这两种疫苗的安全性方面积累了更多的数据。接种这两种疫苗后最多见的不良事件都是注射部位反应、头晕和头痛[27， 30-31]。美国疫苗安全性数据系统评估了可能与预防性HPV疫苗相关的不良事件，发现在接种约60万剂Gardasil后，预定的终点事件(格林巴利综合征、中风、静脉血栓、阑尾炎、癫痫发作、晕厥和过敏反应)的风险没有增加[32]。另有两项研究对合计18.9万名至少接种过1剂Gardasil的女性进行了安全性评估，其中一项研究注意到接种当日晕厥和接种后2周内皮肤感染与疫苗相关[33]，另一项研究则显示接种者的16种自身免疫性疾病发生率没有提高[34]。一项法国的病例对照研究也显示，接种Gardasil与以下疾病没有关联：血小板减少性紫癜、中枢性脱髓鞘或多发性硬化病、格林巴利综合征、结缔组织疾病(包括系统性红斑狼疮、风湿性关节炎和幼年型关节炎)、1型糖尿病和自身免疫性甲状腺炎[35] ......