腸道菌群可起到整合环境因素、饮食、遗传和免疫信号的作用。在肠道黏膜中，免疫系统的T细胞和B细胞在特定位置的表型及其功能受到肠道菌群的影响。肠道菌群可抑制无害抗原诱发的免疫反应和提高肠道黏膜屏障功能的完整性，对维持免疫自稳起着重要作用。

    系统性红斑狼疮是一类能使患者出现慢性疲劳、关节疼痛、皮疹、发热和肾衰竭症状，甚至因肾衰竭而死亡的自身免疫疾病。Mu等[23]在小鼠狼疮性肾炎模型中研究了肠道内乳杆菌属的作用，结果发现该小鼠模型肠道内的乳杆菌属水平显著降低，而通过食物补充含5种乳杆菌的混合物则可很好地缓解狼疮性肾炎的活动性，其中起主要作用的是罗伊乳杆菌。Cervantes-Barragan等[24]的研究发现了一些可促进初始T细胞分化的细菌种类：分节丝状菌可促进CD4+ T细胞向辅助性T细胞17亚群分化；梭状芽孢杆菌可促进CD4+调节性T细胞的分化；脆弱拟杆菌和柔嫩梭菌可促进分泌白介素-10的CD4+ T细胞的分化。在小肠上皮细胞中，具有CD4+ CD8+ T细胞受体α/β的特殊T细胞亚群被称为双阳性的上皮内淋巴细胞(double positive intraepithelial lymphocyte ......