基于免疫相关基因的生物信息学分析构建头颈部鳞癌预后模型
沈阳 秦建晔 孙博文摘 要 目的:以免疫相關基因的生物信息学分析为基础,构建头颈部鳞癌预后模型。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载头颈部鳞癌患者的基因表达数据和临床数据,从ImmPort数据库下载免疫相关基因,通过单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析得到相应预后基因并构建预后模型。运用KaplanMeier生存分析、受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)进行模型的内、外部评价。采用多因素Cox回归鉴定模型能否作为独立预后因子。通过诺莫图和决策曲线评价模型的精确度和有效性。结果:单因素Cox回归分析初步得到162个与预后相关的免疫基因,LASSO回归进一步缩减到24个基因,多因素Cox回归分析最终确认11个,构建预后模型。通过Kaplan-Meier生存分析发现在训练集与测试集中,低风险组生存时间远大于高风险组(P<0.001)。且预后模型的1、2、3年的ROC曲线下面积AUC较大。多因素Cox回归分析发现模型的风险比(HR)=1.3、95% CI=1.289~1.508、P<0.001。经决策曲线验证预后模型与分级、分期、年龄、性别一起联用时,患者净收益最大。校正曲线得知3、5年的C指数均为0.705。结论:成功建立了11个免疫相关基因的头颈部鳞癌预后模型,该模型能较好的预测患者的预后情况。
关键词 头颈部鳞癌;随机生存森林;预后模型;免疫治疗;肿瘤微环境
中图分类号:R73 文献标志码:A 文章编号:1006-1533(2021)24-0023-05
Construction of a prognostic mode for head and neck squamous cell carcinoma based on bioinformatic analysis of immune-related genes
SHEN Yang1, QIN Jianye2, SUN Bowen2,3(1.Graduate School of Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai 201203, China; 2. Shanghai Health and Medical
College, Shanghai 200120, China; 3. Shanghai University of Traditional Chinese Medicine ......
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