先天性心脏病永生性基因库的建立和相关基因研究(1)
先天性心脏病永生性基因库的建立和相关基因研究,法洛四联症,差异表达,共表达网络,功能富集分析
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摘要：目的 整合miRNA和基因芯片数据，筛选与小儿法洛四联症相关的miRNA和调控的基因，并对靶标基因进行功能研究。方法 从基因表达数据库GEO数据库中下载编号GSE35490(miRNA)和GSE35776(mRNA)，两种数据均包含8个正常和16个患法洛四联症的婴儿细胞组织样本，筛选正常样本和疾病样本间特异性表达的miRNA和基因(P<0.05且FDR<0.05及差异值>2或< -2)；从miRNA靶基因预测数据库Targetscan中下载人类所有miRNA以及它们的预测靶基因信息，从中筛选出本分析中找到的特异性表达的miRNA和它们的靶基因(prediction>0.9的记录)，将数据库中找到的靶基因与分析找到的差异表达基因对应，挑选出差异表达miRNA调控的差异表达的基因，再利用string构建miRNA参与的基因共表达调控网络(共表达系数>0.5)，并把网络中的基因上传至DAVID中做功能聚类分析(p value<0.05)。结果 通过比较正常和病变样本，我们共得到了差异表达的miRNA 32个，差异表达的基因875个，根据Targetscan中miRNA以及靶基因信息，找到了差异表达的hsa-miR-124直接调控分析找到的34个差异表达基因，hsa-miR-138直接调控2个差异表达基因，构建了包含231对共表达基因对的miRNA调控网络，网络中基因功能显著地富集14个功能簇，最显著富集在蛋白质定位功能上。结论 找到差异表达的miRNA hsa-miR-124和hsa-miR-138直接和间接调控的差异表达基因，得到两个miRNA参与的基因共表达网络，网络中的基因最显著富集在蛋白质定位功能上 ......
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