然而在准备模拟的时候，体系中有很多原子距离太近，或者新加入的粒子位置不一定合理，导致局部能量过高。如果能量过高可能导致运动速度过快，从而使体系不稳定，最终导致模拟失败。因此在开始模拟之前，首先需要进行能量最优化，使系统达到稳定的状态。能量优化的过程是改变系统中局部高能量原子的位置，降低这些部位的能量。

    2.2体系优化 进行能量最优化的程序是mdrun，它是GROMACS的核心程序。能量最优化会消除高能量原子之间不合理的结构关系，使能量降低到局部极小值。所有的模拟都是采用 mdrun程序进行的，类似于amber软件中的sander程序，就好像GROMACS的心脏一样。

    进行能量最小化后，就可以在控制压强和温度的前提下对体系进行平衡模拟，使体系能量达到全局最小值时，整个体系达到平衡态。首先在NVT系统中，该系统称为等温等容系。然后经过NVT平衡，温定了系统的温度，还需要稳定系统的压强。压强平衡在NPT系统中进行，该系统被称为等温等容系。经过两个阶段的完成，系统已经在需要的温度和压强下平衡良好，可以进行正式模拟了。

    2.3正式模拟 经过上一步的平衡相过程后 ...... 婵″倹鐏夐幃銊ユ躬娴ｈ法鏁ら幍瀣簚缁涘绁︾憴鍫熸閺冪姵纭堕弻銉ф箙閹存牔绗呮潪钘夊弿閺傚浄绱濋崣顖濆厴閺勵垵顫﹂幖婊呭偍瀵洘鎼告径杈╂埂閳ユ粏娴嗛惍浣测偓婵撶礉鐠囬鍋ｉ崙璇茬潌楠炴洘娓舵稉瀣煙閻ㄥ嫧鈧粎鏁搁懘鎴犲閳ユ繃鍨ㄩ垾婊冨斧缂冩垿銆夐垾婵婎問闂傤喓鈧拷


闂勬劒绨張宥呭閸ｃ劌甯囬崝娑崇礉缂冩垹鐝柈銊ュ瀻娣団剝浼呴崣顏冪返閻栧崬绺炬导姘喅閹存牗婀佹稉鈧€规氨袧閸掑棛娈戝▔銊ュ斀娴兼艾鎲冲ù浣筋潔閵嗭拷
濮濓拷娣団剝浼�闂団偓鐟曪拷 1 缁夘垰鍨庨敍鍫濆帳鐠愯鏁為崘宀€娅ヨぐ鏇炴倵濮ｅ繐銇夐崣顖欎簰妫板棗褰�10娑擃亞袧閸掞拷閿涘鈧拷
    淇℃伅浠呬緵鍙傝€冿紝涓嶆瀯鎴愪换浣曚箣寤鸿銆佹帹鑽愭垨鎸囧紩銆傛枃绔犵増鏉冨睘浜庡師钁椾綔鏉冧汉锛岃嫢鎮ㄨ涓烘鏂囦笉瀹滆鏀跺綍渚涘ぇ瀹跺厤璐归槄璇伙紝璇烽偖浠舵垨鐢佃瘽閫氱煡鎴戜滑锛屾垜浠敹鍒伴€氱煡鍚庯紝浼氱珛鍗冲皢鎮ㄧ殑浣滃搧浠庢湰缃戠珯鍒犻櫎銆�

寰俊鏂囩珷  鍏虫敞鐧炬媷  璇勮鍑犲彞  鎼滅储鏇村