然而在准备模拟的时候，体系中有很多原子距离太近，或者新加入的粒子位置不一定合理，导致局部能量过高。如果能量过高可能导致运动速度过快，从而使体系不稳定，最终导致模拟失败。因此在开始模拟之前，首先需要进行能量最优化，使系统达到稳定的状态。能量优化的过程是改变系统中局部高能量原子的位置，降低这些部位的能量。

    2.2体系优化 进行能量最优化的程序是mdrun，它是GROMACS的核心程序。能量最优化会消除高能量原子之间不合理的结构关系，使能量降低到局部极小值。所有的模拟都是采用 mdrun程序进行的，类似于amber软件中的sander程序，就好像GROMACS的心脏一样。

    进行能量最小化后，就可以在控制压强和温度的前提下对体系进行平衡模拟，使体系能量达到全局最小值时，整个体系达到平衡态。首先在NVT系统中，该系统称为等温等容系。然后经过NVT平衡，温定了系统的温度，还需要稳定系统的压强。压强平衡在NPT系统中进行，该系统被称为等温等容系。经过两个阶段的完成，系统已经在需要的温度和压强下平衡良好，可以进行正式模拟了。

    2.3正式模拟 经过上一步的平衡相过程后 ......