基于GROMACS的分子动力学模拟的研究(3)
4.2结合自由能计算 在分子动力学模拟领域，准确计算结合自由能虽取得一定进展，但仍然是一个挑战。现在开发了多种计算结合自由能[17]的方法，可分为三类：第一类为自由能微扰，第二类为热力学积分和使用最广泛的第三类MM-PBSA/GBSA。MM-PB/GBSA是 Srinivasan 等人提出的一种自由能计算方法，用来计算复合物体系的绝对和相对结合自由能。此外，Amber软件包中专门提供了MM-PBSA/GBSA程序，可以非常方便的计算出受体与配体间的结合自由能。而GROMACS中并没有像AMBER中那样单独的模块，所以计算比较麻烦。5 前景展望
随着计算机技术的迅速发展，人们对于生物大分子结构和功能的逐步认识，为分子动力学的进一步发展和完善提供了良好的氛围 ......
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