几种外部干预算法的比较(2)
1.1非约束性算法
1.1.1 MFPT算法 MFPT算法设计是基于网络的状态转移的。根据目标基因的值可将状态转移矩阵表示为以下情况P=。该算法的核心思想是减少停留在不期望状态的时间,增加停在期望状态的时间。其最终得到的干预策略属于MD。
根据公式(1)可计算出MFPT向量KD和KU
其中,e是由1组成的一个列向量,KD表示D中各状态首次到U的时间集合,KU表示U中各状态首次到D的时间集合。
为了尽可能早的到达期望状态以及离开不期望状态。MFPT定义了以下准则:若状态x∈U,则判断KD(x)- KD()与阈值λ的关系;若状态x∈D,则判断KU()- KU(x)与阈值λ的关系。前者是缩短到达D的时间,后者则是延长到达U的时间。通常情况下,我们取阈值λ=0。根据该准则可决定当前状态x的控制基因位是否翻转,从而得到最终干预策略。
1.1.2 BOA算法 到达期望状态并不代表该路径的顶端是期望吸引子。BOA算法注意到基因调控网络的长期动态行为主要由吸引子决定。故该算法设计从吸引子出发,其核心思想是减少到达期望吸引子的时间,增加到达不期望吸引子的时间。其准则如公式(2)(3)所示:
其中,B(x)、B()分别表示状态x、最终归属的吸引子(环) ......
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