2.2差異表达基因筛选 基因表达箱式图，见图2，可见基因表达数据较为整齐，可以进行Limma分析; MDS图(图3)显示在前两个维度构成的坐标系中，所有样本相似度良好;所有基因的估计离散值(图4)，包括经验贝叶斯稳健离散值(Tagwise)、经验贝叶斯稳健离散值的均值(Common)和经验贝叶斯稳健离散值的拟合值(Trended)，曲线显示样本之间的差异较小。Limma筛选出30个差异表达基因，其中上调基因6个，下调基因24个(表1)。绘制上述差异表达基因的火山图(图5)。使用gplots软件包绘制热图(图6)，横坐标为样本编号，纵坐标为基因种类，并对样本和基因双向聚类，展示表达差异分析结果。从图6左侧系统聚类树状图可见，30个表达差异基因恰好将519个样本分为两类;上调的基因显示为黄色，下调的基因显示为红色，6个上调基因：KRTAP5-AS1 ......