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编号:13515486
基于生物信息学分析筛选舌鳞状细胞癌核心基因及其预后价值(1)
http://www.100md.com 2020年1月22日 《医学信息》 20203
     摘要:目的 通過对GEO数据库提供的基因芯片数据进行挖掘,结合生物信息学分析基因表达谱,获取舌鳞状细胞癌(TSCC)核心基因,利用生存分析初步验证核心基因对舌鳞状细胞癌的预测效果。方法 从GEO数据库下载舌鳞状细胞癌相关芯片数据(GSE9844),获得了26例TSCC组织样本和12例癌旁组织样本的全基因组转录组谱,采用SAM算法筛选出TSCC与癌旁组织间的差异表达基因,并借助GEO的gene信息库对基因功能进行描述,筛选出TSCC与癌旁组织间的差异细胞信号通路,构建决定TSCC的基因共表达网络,通过GEPIA数据库来初步验证共表达网络中的核心基因是否与TSCC患者的生存预后存在相关性。结果 筛选出2074个差异表达基因,包括1119个上调基因和955个下调基因。以2074个差异表达基因作为共表达网络的构建基础,共纳入230个差异表达基因,筛选出5个TSCC核心的基因(ADCY4、PLA2G12A、MAOB、PDE2A、CYP2C9) ......
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