基于TCGA数据库肺腺癌RNAs构建ceRNA网络的综合分析(2)
1.2.2 构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络 提取筛选出的差异表达RNAs,利用miRcode(http://www.mircode.org/)数据库预测差异lncRNAs和差异miRNAs之间的相互作用。miRDB(http://mirdb.org/),mirTarBase(http://www.mirbase.org/),miRanda(http://www.microrna.org/ microrna/home.do)和Target Scan(http://www.targetscan.org)数据库用于检索差异miRNAs的靶基因mRNAs。利用R软件“VennDiagram”包绘制Venny图,并利用Cytoscape v3.7.1构建肺腺癌 lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络。1.2.3 生存分析 基于TCGA数据库下载的肺腺癌患者的临床信息,提取有效的生存状态及生存时间 ......
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