基于TCGA数据库肺腺癌RNAs构建ceRNA网络的综合分析(1)
摘要:目的 基于TCGA数据库挖掘肺腺癌差异表达的RNAs,通过ceRNA网络的综合分析并预测其与患者预后的相关性。方法 利用TCGA数据库下载肺腺癌的表达数据,使用R软件“edgeR”包初步筛选差异表达的RNAs,进一步构建肺腺癌的lncRNA-miRNA -mRNA的ceRNA网络,对ceRNA网络中的mRNAs进行了K-M生存分析。结果 筛选的差异表达的RNAs中有3个mRNA(ANLN、IGFBP1、TFAP2A)、4个lncRNA (AC015923.1、FGF12-AS2、LINC00211、MED4-AS1)、2个miRNA(hsa-mir-31、hsa-mir-490),均与预后相关。其中hsa-mir-31预后价值最高(P<0.001),LINC00461和has-mir-139为关键节点的ceRNA调控网络 ......
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