二代测序技术在儿童白血病诊治中的应用
灵敏度,克隆,1NGS在初诊白血病的应用,2利用NGS结果进行微小残留病变(MRD)监测,3利用NGS进行白血病克隆演变的追踪,4总结
蔡丽雯,徐晓军(浙江大学医学院附属儿童医院血液肿瘤科,浙江 杭州 310003)
二代测序(next-generation sequencing,NGS)又称下一代测序,是可以并行测定大规模DNA 碱基对的技术[1]。近年来,二代测序技术以其高通量、高灵敏度、易于操作、相对定量等优点,在精准医学领域迅速发展应用。在儿童白血病领域,通过二代测序技术,越来越多的突变基因被证实在疾病起源、病情发展、预后及复发等各个方面具有重要意义。通过检测追踪相关基因,可以对白血病患者的治疗反应进行预测及分层治疗,使白血病的治疗更加精确。此外,不同时间点对白血病相关突变基因进行NGS检测也能及时发现新的突变并追踪白血病克隆演变。本文通过分析国内外相关文章,对二代测序在儿童白血病初诊、微小残留病变监测及克隆演变追踪方面的应用进行探讨。
1 NGS 在初诊白血病的应用
与以往传统的测序技术相比,NGS 实现了大规模并行测序,可以全面、高效率地发现更多有意义的突变基因,同时加深对已发现基因的理解。近年来,NGS 逐渐演变出针对不同目的检测的多种策略[2],目前认为对于初诊白血病具有应用价值的主要有高深度Panel、全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)、转录组测序(RNASeq)、全免疫组测序(immune repertoire sequencing,IRseq)和单细胞测序技术[3]。这些技术的结合可以更好地应对白血病基因的复杂性,也为揭示白血病突变基因与临床特征及预后的联系提供了更多证据。
高深度Panel 的检测范围相对传统Panal 而言更全面,包含了血液肿瘤的常见基因,灵敏度可达到0.03%,对于白血病这类疾病而言针对性强,检出率高,并使后续多个基因的监测更为便捷[4]。由于其测定目标明确,在成本上也就相对低,更具经济适用性,对于临床诊断明确的白血病患者而言是一个较好的选择。但这种方法检测基因较固定,对于未包含在内的基因则无法检出,也不能发现新的突变基因。WES 可以测定全部外显子基因,对于体细胞与胚系的突变谱都具有检测意义,灵敏度通常在1%。由于其检测范围十分广泛,可延伸发现更多有临床意义的基因 ......
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