基于碱基分子质量和π电子共振能的几种新距离在系统发育重建中的应用
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袁哲明 欧阳芳 吉洪湖 张平 文迪彪 湖南农业大学生物安全科技学院 湖南农业大学生物安全科技学院 湖南农业大学生物安全科技学院 湖南农业大学生物安全科技学院 湖南农业大学生物安全科技学院
【摘要】为探讨基于碱基分子质量和π电子共振能的几种新距离在系统发育重建中的应用,以Kimura2-parameter距离为对照,以鸻行目16种鸟类线粒体ND6基因和Cytb基因序列为例分别进行距离矩阵邻接法建树,并结合形态学分类和核型研究结果进行比较分析.结果表明:1)E距离和I距离基因树最大程度地吻合了形态学分类结果,将灰斑鸻和鸻属的两个种聚为同一单系,将滨鹬属两个种聚为同一单系;其反对将反嘴鹬和砺鹬单独成科的观点得到核型研究结果的强烈支持;E距离和I距离的ND6树和Cytb树相互支撑性较好;E距离和I距离是系统发育重建中2种颇具潜力的新距离;2)基于E距离和I距离的ND6树和Cytb树,结合形态学分类和核型研究结果,给出了鸻行目16种鸟类的分类归属.
【关键词】 碱基分子质量 π电子共振能 E距离 I距离 系统进化 行目
【基金】国家自然科学青年基金资助项目(30100122)
【分类号】Q959.7
距离矩阵邻接法(neighbor-joining,NJ)、最大简约法(maximumparsimony,MP)和最大似然法(maximumlikelihood,ML)是重建生物系统关系的3种主要方法[1～4].分子进化距离一般分为核苷酸替换、同义替换与异义替换、氨基酸替换3类[5].在核苷酸替换中,根据碱基频率相等与否、转换和
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摘 要：为探讨基于碱基分子质量和π电子共振能的几种新距离在系统发育重建中的应用，以Kimura2-parameter距离为对照，以鴴行目16种鸟类线粒体ND6基因和Cyt b基因序列为例分别进行距离矩阵邻接法建树，并结合形态学分类和核型研究结果进行比较分析。结果表明：1)E距离和I距离基因树最大程度地吻合了形态学分类结果，将灰斑鴴和鴴属的两种聚为同一单系，将滨鹬属两个种聚为同一系；其反对将反嘴鹬和砺鹬单独成科的观点得到核型研究结果的强烈支持；E距离和I距离的ND6树和Cyt b树相互支撑性较好；E距离和I距离是系统发育重建中2种颇具潜力的距离；2)基于E距离和I距离的ND6树和Cyt b树，结合形态学分类和核型研究结果，结出了鴴行目16种鸟类的分类归属。
关键词：碱基分子质量；π电子共振能；E距离；I距离；系统进化；鴴行目
中图分类号：Q959.7
文献标识码：A
文章编号：1007-7847(2005)01-0077-07
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