用生物信息学方法处理基因芯片结果
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李辉 张宏波 杨旭宇 王磊 周文 任彩萍 中南大学湘雅医学院肿瘤研究所 中南大学湘雅医学院肿瘤研究所 中南大学湘雅医学院肿瘤研究所 中南大学湘雅医学院肿瘤研究所 中南大学湘雅医学院肿瘤研究所 中南大学湘雅医学院肿瘤研究所
【摘要】基因芯片是一种能够同时检测大量基因在同一组织中表达情况的有力工具.利用前期工作筛选的2210个鼻咽癌差异表达基因和Biocarta信号通路资源库,构建了一个基于信号通路的基因相互作用网络.通过统计学分析,进一步筛选出一批对该基因相互作用网络具有重大影响的基因(特别是RAN、CEL、RELA).随后,采用RT-PCR方法检测候选基因在鼻咽癌活检组织中的表达,发现RAN和CEL基因在高达80%的鼻咽癌组织中高表达.进一步将网络分析结果和ArrayXPath软件分析的结果比较,共计有40%(32/80)基因结果吻合,这验证了网络分析方法的有效性和可行性.最终探索建立了新的分析基因芯片的方法.
【关键词】 鼻咽癌 微阵列 信号通路
【基金】国家自然科学基金面上项目(30500261)
【分类号】Q78
基因芯片是一种高通量地同时研究多个基因表达的有力工具.近年来,基因芯片技术在肿瘤研究中得到了广泛的应用,例如肺癌、胃癌、结直肠癌、乳腺癌等肿瘤的研究中[1～4].基因芯片结果提供了包括基因功能、信号通路和基因相互作用等海量信息.如何去处理和分析这些海量信息是目前
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摘要：基因芯片是一种能够同时检测大量基因在同一组织中表达情况的有力工具。利用前期工作筛选的2210个鼻咽癌差异表达基因和Biocarta信号通路资源库，构建了一个基于信号通路的基因相互作用网络。通过统计学分析，进一步筛选出一批对该基因相互作用网络具有重大影响的基因(特别是RAN、CEL、RELA)。随后，采用RT-PCR方法检测候选基因在鼻咽癌活检组织中的表达，发现RAN和CEL基因在高达80%的鼻咽癌组织中高表达。进一步将网络分析结果和ArrayXPth软件分析的结果比较，共计有40%(32/80)基因结果吻合，这验证了网络分析方法的有效性和可行性。最终探索建立了新的分析基因芯片的方法。
关键词：鼻咽癌；微阵列；信号通路
中图分类号：Q75
文献标识码：A
文章编号：1007-7847(2006)04-0295-09
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