线蛱蝶亚科蝶类部分类群线粒体COI基因的分子系统发生分析(2)
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参见附件(812KB，8页)。
的关系见图1，平均转换/颠换比接近1，分析发现，大部分序列第3密码子位点的转换/颠换比小于1，表明转换在此位点已达饱和，这与以前的一些研究是相似的，这种现象提示高水平的平行演化现象的发生，将第3密码子除去，第1和第2密码子的转换/颠换比则超过1(平均5.397)，对于这种现象的处理，一些研究者们建议将第3密码子去除，或进行加权分析，分别对转换和颠换赋予不同的权重，本文为了估计COI第3密码子的转换的高饱和率在线蛱蝶亚科系统发育分析中的影响，将第3密码子去除与保留该位点进行比较分析，遗传距离在内群和外群之间的最大值为16.3%，最小为12.1%，内群序列间的平均遗传距离为10.8%。
图1看出当遗传距离较小时，转换的数值(Ts)明显高于颠换的数值(Tv)，随着遗传距离(p)的增加，转换的数目会暂时处于一个较为恒定的状态(达到饱和)，而颠换数呈持续上升趋势(超过转换值)，从而导致转换颠换比值明显下降，当遗传距离增加很大时，转换数又开始增加，总之，本研究的Tv、Ts和p值之间呈现出良好的线性关系。
2.2分子系统树
本研究共构建了4种树：NJ(Neighbor-ioining)树、贝叶斯树(bayesian tree)、MP(Maximum parsi-nomy)树及去除密码子第3位点的MP树，构建的NJ树如图2，贝叶斯树如图3所示；由于第3密码子位点的转换出现了饱和，因此，构建了全部位点的MP树(TL=572，CI=0.4930，RI=0.6033)和去除第3密码子的MP树(TL=94，CI=0.5319，RI=0.7067)，但这两种树拓扑结构非常相似(限于篇幅，本文未显示)，NJ树和这两种MP树的拓扑结构也很相似，主要差别在于拟缕蛱蝶和细刺栎蛱蝶的位置有所不同，对这4种树进行综合比较，以NJ树为例，可将内群分为3个支系：第1个支系由丽蛱蝶族的丽蛱蝶组成；第2个支系由线蛱蝶族线蛱蝶属、悌蛱蝶属、带蛱蝶属和拟缕蛱蝶属相聚而成 ......
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