基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点
转录因子结合位点(TFBS),位置权重矩阵(PWM),碱基保守性
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杨科利 许强 宝鸡文理学院物理系 宝鸡文理学院物理系
【摘要】基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.
【关键词】 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性
【基金】宝鸡文理学院硕士科研启动项目(ZK0791;ZK0792)
【分类号】Q78
解释基因的转录调控一直是生物信息学中的一个重要内容,转录因子结合位点的识别是研究基因转录调控的重要环节,是构建基因调控网络的一个核心问题.因此识别转录因子结合位点是理解基因转录调控机制和基因表达模式的基础,对转录因子结合位点的研究需要建立一个能够综合序列多
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摘要：基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料，构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵，整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i，提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验，均获得了较高的预测成功率。结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%，明显高于单碱基位置权重矩阵。同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较，核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52。优于现有预测方法。
关键词：转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性
中图分类号：Q61
文献标识码：A
文章编号：1007-7847(2008)02-0115-06
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