宫颈癌淋巴结转移相关基因的表达谱研究
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2009年12月1日
淋巴转移,基因芯片,差异表达基因,基因表达谱,综合数据库,生物信息学,研究利用
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朱秀兰 马文丽 阴常欣 郑文岭 南方医科大学基因工程研究所;华南基因组中心;
【摘要】淋巴结转移是影响宫颈癌预后因素的首要因素,但分子机理尚不清楚,探讨宫颈癌淋巴结转移的分子机制,筛选可能用于临床诊断和治疗的新的分子靶标尤其重要.BRB-Array Tools软件对基因表达综合数据库(Gene Expression Ominibus,GEO)中有/无淋巴结转移早期宫颈癌的基因芯片表达谱数据进行统计学分析,找出二者的差异基因,利用GenCLip软件进行文献挖掘研究这些差异表达基因的功能关系.筛选出71个差异表达基因,其中35个在有淋巴转移的宫颈癌中表达上调,36个下调.文献挖掘发现FZD10、PDZK1IP1、SERPINB9、COMP、MAGEA1等几个新的宫颈癌淋巴转移相关基因.结果表明生物信息学方法能有效地分析基因芯片数据并获取生物内在信息,为宫颈癌淋巴转移发生机制及治疗靶位开辟新思路.
【关键词】 宫颈癌 淋巴转移 基因芯片 差异表达基因 淋巴结转移 转移相关基因 基因表达谱 综合数据库 生物信息学 研究利用
【基金】广东省重点实验室建设基金资助项目(2004B60144)
【分类号】R737.33
宫颈癌是常见的妇科恶性肿瘤之一,其发病率在女性恶性肿瘤中居第2位,仅次于乳腺癌,全世界每年有20多万妇女死于该疾病,新发病例中,83%发生在发展中国家,我国每年新发病例13.15万,占世界宫颈癌新发病例的四分之一,居我国女性恶性肿瘤第一位,且有年轻病例逐年增加的趋势.宫颈癌
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摘要：淋巴结转移是影响宫颈癌预后因素的首要因素，但分子机理尚不清楚，探讨宫颈癌淋巴结转移的分子机制，筛选可能用于临床诊断和治疗的新的分子靶标尤其重要，BRB-Array Tools软件对基因表达综合数据库(Gene Expression Ominibus，GEO)中有/无淋巴结转移早期宫颈癌的基因芯片表达谱数据进行统计学分析，找出二者的差异基因，利用GenCLip软件进行文献挖掘研究这些差异表达基因的功能关系，筛选出71个差异表达基因。其中35个在有淋巴转移的宫颈癌中表达上调，36个下调，文献挖掘发现FZD10、PDZKIIIPI、SERPINB9、COMP、MAGEA1等几个新的宫颈癌淋巴转移相关基因，结果表明生物信息学方法能有效地分析基因芯片数据并获取生物内在信息，为宫颈癌淋巴转移发生机制及治疗靶位开辟新思路。
关键词：宫颈癌；淋巴转移；基因芯片；差异表达
中图分类号：R737 文献标识码：A 文章编号1007-7847(2009)04-0337-06
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